Scion Herbst 2018: Medikamentenforschung von Bayer und Pathologie aus Mannheim

Die Bayer AG wurde 1863 in Barmen, das heute zu Wuppertal gehört, von Friedrich Bayer (1825-1880) gegründet. Der Hauptsitz befindet sich gegenwärtig in Leverkusen. 2017 hatte Bayer einen Jahresumsatz von 35 Milliarden Euro. Das weltweit tätige Unternehmen mit knapp 100.000 Mitarbeitern ist in der chemischen und pharmazeutischen Industrie angesiedelt.

Dr. Christoph Schatz hat in Berlin, Heidelberg und Boston Biochemie studiert und am EMBL in Heidelberg promoviert. In den letzten 12 Jahren war Christoph Schatz bei Schering und Bayer in Berlin angestellt.

Im Fokus der Arbeit des Biochemikers steht die Entwicklung von Wirkstoffen zur Behandlung von Krebs und hierbei speziell die Unterstützung der Projekte durch pharmakodynamische und prediktive Biomarker in preklinischen und klinischen Studien. Als Teil der Gewebe-basierten Biomarkeranalysen verwendet Christoph Schatz in seinem Labor automatische Bildverarbeitungsprozesse und wird hierbei von der HS Analysis GmbH in Karlsruhe unterstützt.

In seinem Vortrag möchte der Pharmaforscher von Bayer aus der Anwendersicht die Möglichkeiten und Perspektiven von automatischer Bildauswertung bei der Entwicklung von Medikamenten an einigen Beispielen aufzeigen. Christoph Schatz freut sich schon auf den Wissensaustausch und eine lebhafte Diskussion bei Scion Herbst 2018.

Christoph Schatz: Biochemiker und Forscher bei Bayer
[ Quelle: Christoph Schatz / Bayer AG ]

Prof. Timo Gaiser ist Leiter Immunohistochemie und molekulare Pathologie an der Universitätsklinik Mannheim.  Zu seiner Arbeit gehört das automatische Erkennen von Körperregionen, in denen Antikörper Verbindungen eingegangen sind. Das Ergebnis wird mit Standardwerten verglichen. Timo Gaiser hat seinen Fokus auf den Darm gesetzt. Sein Wunsch wäre eine automatische Bildanalyse bspw. bei einer Koloskopie in Echtzeit.

Zum fachlichen Hintergrund:
„Genetik und Epigenetik bei rezidivierenden und rezidivfreien Adenomen des Kolorektums:
Adenomatöse Polypen des Kolons treten mit einer Inzidenz von 30% in über 60-jährigen Patienten auf. Ohne eine Entfernung entwickeln ca. 4% der Patienten ein Karzinom innerhalb von 5 Jahren. Auf molekularer Ebene zeichnen sich dabei drei charakteristische Wege verantwortlich: chromosomale Instabilität, Mikrosatelliteninstabilität und die Methylierung von CpG-Inseln in der DNA. Um zu klären, welche Rolle diese Mechanismen bei der Entstehung und Rekurrenz von Kolonadenomen spielen, soll eine klinisch möglichst gut charakterisierte Kohorte aus rezidivierten und nicht rezidivierten Adenomen untersucht werden. Diese sollen zum einen epigenetisch mittels DNA-Methylierungsarray und zum anderen genomisch durch Array-basierte komparative genomische Hybridisierung (aCGH) analysiert werden. Der Vergleich zwischen rezidivierenden und nicht rezidivierenden Polypen soll dabei charakteristische Genloci identifizieren, die für eine Prognoseabschätzung zum Auftreten von Rezidiven geeignet ist. Dieses Projekt soll helfen, die molekularen Kanzerogenesewege und das pathogenetische Verständnis von Adenomen besser zu verstehen und die Nachsorgeintervalle individuell für die Patienten zu optimieren.“

[ Quelle: Molekulare Tumorgenetik, Timo Gaiser, Pathologischen Institut der Uniklinik Mannheim ]

Visualisierung histologisch okkulter Tumorevolution
in nichtdysplastischer, TP53-mutierter Kolonmukosa
[ Quelle: Timo Gaiser, Pathologie, Uniklinik Mannheim ]

Timo Gaiser, Leitender Oberarzt, Pathologie am Universitätsklinikum Mannheim
[ Quelle: Timo Gaiser ]

Sergey Biniaminov und die HS Analysis GmbH sind Initiator der Scion-Eventreihe.
Bevorstehend ist Scion Herbst 2018, 26.-28.10.18 in der Technologiefabrik Karlsruhe.
HS Analysis entwickelt Assistenten zur Unterstützung der Ärzte in den Unikliniken
und die Förderung der Forschung in der Pharmaindistrie. Sergey Biniaminov
hat sich das Ziel gesetzt, dass bei den Anwendern der Vertrauen in die Künstliche
Intelligenz gestärkt wird, die beispielsweise bei der automatisierten Bildanalyse
durch HS Analysis zur Anwendung kommt.

Sergey Biniaminov, CEO von HS Analysis in Karlsruhe
[ Foto: Michael M. Roth, HS Analysis ]

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Text: Michael M. Roth, HS Analysis

Prof. Thomas Hirth & Prof. Alexander Nesterov-Müller vom KIT bei Scion Herbst 2018

Scion Herbst 2018 (26.-28.10.18), unsere Jahreskonferenz für Life Science, nähert sich mit großen Schritten. Es verbleiben nur noch 43 Tage bis Wissensvermittlung und Dialog in der Technologiefabrik Karlsruhe stattfinden und somit eine Geburtsstätte für interdisziplinäre Projekte in Life Science und Biotech bilden werden. Im Juni hatten wir bereits Scion Sommer 2018 mit Schwerpunkt auf dem Hackathon mit ersten wissenschaftlichen Vorträgen als Anfangs-Incentives für das Format. Nun, bei Scion Herbst 2018, wird es eine deutlich größere Auswahl an fachspezifischen Talks geben, zusätzlich werden Podiumsdiskussionen den Austausch rundum die automatisierte Bildanalyse in der Medikamentenforschung und Diagnose von Krankheiten mit Hilfe von Künstlicher Intelligenz und Deep Learning intensivieren.

Professor Dr. Thomas Hirth, Vizepräsident für Innovation am Karlsruhe Institut für Technologie (KIT), begrüßt die Teilnehmer und Teilnehmerinnen von Scion Herbst 2018 und verdeutlicht die Wichtigkeit des interdisziplinären Austausches für Life Science.


Prof. Thomas Hirth, KIT-VP | (c) KIT, Thomas Hirth

Professor Alexander Nesterov-Müller, Gruppenleiter am IMT des KIT, hat die Vision, innerhalb seiner Arbeitsgruppe „Molekulare Suchmaschinen“ neue Moleküle zu entdecken für die Diagnose und die Therapie von Krankheiten.


Prof. Alexander Nesterov-Müller | (c) KIT
Abteilungsleiter des Instituts für Mikrosystemtechnik, IMT

Mit dem Unternehmen HS Analysis GmbH, das ursprünglich am KIT entstand, verbindet Sergey Biniaminov verschiedene Disziplinen in Life Science miteinander und verfügt über Expertise im Management großer Datenmengen. Deep Learning und Vertrauen in die automatisierte Datenanalyse in der Medizin ist ein Schlüsselthema bei HS Analysis.

Sergey Biniaminov, Geschäftsführer bei HS Analysis

Prof. Nesterov-Müller entwickelt mit seiner Arbeitsgruppe eine Array-Platine für die Abbildung der vollständigen DNA eines Menschen.
Das Expertenteam von HS Analysis liefert KI-Modelle, um unter anderem große Datenmengen in Korrelation zueinander zu bringen.

Das gemeinsame Ziel von HS Analysis GmbH und KIT ist, klinische Medikamententests an Mensch und Tier zu reduzieren. Während Prof. Nesterov-Müller in seinem Vortrag auf Peptide Arrays eingeht, wird Sergey Biniaminov über Deep Learning und die Hochdurchsatz-Analyse referieren.

Bei Interesse für das oben beschrieben Thema, ist eine noch kostenfreie Anmeldung (Early Bird) für Scion Herbst 2018 am 26-28 Oktober in der Technologiefabrik Karlsruhe möglich: http://scion.hs-analysis.com/scion-herbst-2018/


Proteom des humanen Poliovirus als überlappende Sequenzen und in Form von Substitutionsanalysen (li.)
Substitutionsanalyse des HA-Tags in 4-facher Ausführung zur Demonstration der Reproduzierbarkeit der Synthese (re.)

Quelle: www.axxelera.com

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Scion Herbst 2018 | Die Jahreskonferenz

Foto: Michael M. Roth, HS Analysis GmbH | Nathalie Biniaminov moderiert bei Scion Sommer 2018

Kaum ist die Scion Sommer 2018 (23./24.6.18), bei dem der Hackathon im Mittelpunkt stand, vorbei, schon bereiten wir das nächste Scion-Event vor. Vom 26.-28.10.18 wird Scion Herbst 2018 in der Technologiefabrik Karlsruhe stattfinden. Dieses Mal nehmen Fachvorträge von Unternehmen, Hochschulen und Banken sowie aus der Startup-Szene einen breiten Raum ein. Zusammen mit Podiumsdiskussionen und Workshops bilden sie das Forum. Scion Herbst 2018 besteht neben dem Forum aus dem Hackathon. Während sich der Hackathon überwiegend an Studentinnen und Studenten richtet, die in kleinen Teams Programmier- und Designaufgaben im Umfeld der intelligenten Bildanalyse mit Hilfe von KI und Deep Learning lösen sollen, bildet das Forum eine Plattform für wissenschaftliche Vorträge und den Austausch von Fachexperten aus der Industrie und der Hochschullandschaft.

Obgleich wir viele Experten eingeladen haben, die auf ihrem Gebiet Koryphäen sind, ist es das Anliegen von HS Analysis, dem Initiator von Scion, interdisziplinäres Denken zu fördern. In den kommenden Dekaden wird nicht nur der Vernetzungsgrad unter den Menschen zunehmen, auch Gedanken, Ideen, Fachwissen aus unterschiedlichen Disziplinen werden einander „begegnen“ und zu neuer Kreativität vereint werden. Heute legen wir den Grundstein für vernetztes Denken, Handeln und Interagieren. KI wird nicht ihrer selbst Willen weiter entwickelt. Viel mehr werden Anwendungsfälle geschaffen. In der Medizin bedeutet das, dass systematische Fehler oder Krankheiten bei einem Organ zu Erkenntnissen oder Therapiemaßnahmen bei einem anderen Organ führen können.

Sowohl der verantwortungsvolle Umgang mit Daten als auch der ergebnisorientierte werden zu den Aufgaben der folgenden Jahrzehnte gehören. Auf globaler Ebene sind wir in diesem Sommer 2018 wetter- und klimatisch-bedingten Herausforderungen begegnet wie nie zuvor. Überall zeichnen sich Muster ab, ob nun in der medizinischen Bildanalyse oder in der Meteorologie. Diese Muster gilt es zu erkennen, Gemeinsamkeiten und Unterschiede zwischen bisherigen Momentaufnahmen und Prozessen zu identifizieren.

Detektion von Glomeruli mit Hilfe eines angelernten Tensorflow Modells für Brightfield Daten | Quelle: HS Analysis GmbH

Bei Scion treffen sich „alte Hasen“, renommierte und populäre Professoren, wie Matthias Wölfel von der Hochschule Karlsruhe, der 2017 bei Unicum auf Platz 2 der beliebtesten Professoren in Deutschland landete. Ebenso erscheinen junge Leute, nicht nur zum Hackathon, sondern auch als Vortragende im Forum, wie Christian Wiegand von der Gründerschmiede Pioniergarage (Team Sommersemester 2018). Als medizinisches Fachpersonal beteiligt sich Fermin Person von der Uni-Klinik Hamburg-Eppendorf (UKE); über ihr Fachgebiet, die Pathologie, wird Afsaneh Soruri vom Institut für Pathologie und Molekularpathologie Pforzheim referieren, die bereits bei Scion Sommer 2018 einen interessanten Redebeitrag leistet. Vertreter von großen Unternehmen wie Zeiss, Bayer und Microsoft werden wesentlich zum Gesamt-Know-How von Scion beisteuern. Die praktische Einführung von Detlef Lang in die Zeiss Mikroskopie kann ich den Teilnehmenden besonders ans Herz legen. Der Workshop war beim Sommer-Event von Scion gut besucht!

Workshop Zeiss Mikroskopie by Detlef Lang | Foto: Michael M. Roth, HS Analysis

Insbesondere die Podiumsdiskussionen werden zum Wissenaustausch inspirieren. Freilich gehören heutzutage ganz stark auch die Pausengespräche zwischen den Vorträge dazu.

Nicht nur unsere Partner, generell darf jeder Leser und jede Leserin, der bzw. die Scion Herbst 2018 als eine spannende Veranstaltung freudig und neugierig entgegen sieht, diesen Blogartikel in seinem/ihren eigenen Netzwerk teilen. Interessenten und Teilnehmende an Scion haben es in der Hand, etwas zur Popularitätssteigerung beizutragen. Am Besten wird dies natürlich gelingen, wenn man selbst von der Veranstaltung überzeugt ist. Wir als Veranstalter werden uns diesbezüglich alle Mühe gehen und Verbesserungsvorschlägen und Inspirationen immer offen gegenüber stehen.

Seien wir als gespannt auf die 2. Ausgabe von Scion. Das heißt, Scion Herbst 2018, vom 26.-28.10.18 in der Technologiefabrik Karlsruhe – Save the Date! <3

LG Euer Micha
Michael M. Roth, Leiter Kommunikation @ HS Analysis GmbH

Anmeldung bei Scion Herbst 2018:
http://hsalink.de/sh18face (informativ via Facebook)
http://hsalink.de/sh18reg (verbindlich via Website)
http://hsalink.de/sh18web (allgemeine Infos wie Programm etc.)

PS: Das genaue Programm für Scion Herbst 2018 wird sukzessive erstellt und ergänzt. Wir bitte noch etwas um Geduld bis zur Vervollständigung. Danke!

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