Month: Oktober 2018

Privatdozentin Dr. Afsaneh Soruri hat an der Universität Göttingen Immunologie, Biochemie und Mikrobiologie studiert. Promoviert wurde sie auf dem Gebiet der Antigenpräsentation durch Dendritische Zellen. In Ihrer Habilitation beschäftigte sie sich mit dem Thema Migration und Reifung von Antigen-Präsentierenden-Zellen in vivo. Das besondere Interesse der Naturwissenschaftlerin gilt der Bedeutung der Antigenpräsentation im Tumorgewebe. In 2009 gründete Afsaneh Soruri das Labor „Molekulare Diagnostik“ am Institut für Pathologie und Molekularpathologie Pforzheim. Frau Dr. Soruri möchte die molekulare Diagnostik weiterentwickeln, die bei der individuellen Krebstherapie eine bedeutende Rolle spielt.

In ihrem Vortrag bei Scion Herbst 2018 (26.-28.10.18 in Karlsruhe)  wird Dr. Soruri unterschiedliche Methoden der Diagnostik vorstellen.

PD Dr. Afsaneh Soruri, Institut für Pathologie & Molekularpathologie Pforzheim (PMP)
[ Quelle: Afsaneh Soruri ]

Thomas Betz ist seit 4 Jahrzehnten in Entwicklung und Vertrieb mit der Mikroskop-Bildanalyse beschäftigt. Die Zusammenarbeit mit HS Analysis besteht bereits seit 4 Jahren und wird von Thomas Betz als offen und kreativ bezeichnet. Bei Scion Herbst 2018 wird der Zeissianer (siehe auch ZEISS Mikroskopie) „sein“ Demosystem Axio Scan.Z1 mitbringen und bei einem sicherlich spannenden Workshop den Teilnehmerinnen und Teilnehmern am Samstag, den 27. Oktober erläutern, wie digitale Mikroskopiedaten, die so genannten Whole-Slide-Imaging-Daten (WSI), überhaupt entstehen. Insbesondere basieren die Hackathonaufgaben 1 und 2 auf Daten, die mit dem Axio Scan.Z1 erzeugt wurden. http://hsalink.de/sh18hack

Axio Scan.Z1 Digital Slide Scanner

Dipl.-Ing. Thomas Betz, Spezialist Whole Slide Imaging Zeiss Mikroskopie
[ Quelle der Bilder: Thomas Betz / Zeiss Mikroskopie ]

Mikroskope finden ihre Anwendung auch in der Materialwirtschaft und Materialforschung in Qualitätssicherung und Fehleranalyse. Detlef Lang von der Carl Zeiss Microscopy GmbH wird ebenfalls einen Mikroskopie-Workshop zu diesem Thema am Freitag, den 26. Oktober, geben. Der Physiker und Astronom hat in Heidelberg studiert und war mehrere Jahre am Karlsruhe Institut für Technologie (KIT)  in der Geochemie beschäftigt bevor er in die Oberflächenanalytik wechselte. In seinem Workshop möchte er den Teilnehmenden die Mikroskopie praktisch näher bringen und aufzeigen mit welchen Methoden geeignete optische Abbildungen erzielt werden. Interessant dürfte das auch für die Teilnehmenden des Hackathon sein, insbesondere Aufgabenstellung Nr. 10, bei der es um die automatisierte Bildanalyse in der Materialwirtschaft geht. –> http://hsalink.de/sh18hack 

Detlef lang gibt seinen Workshop zum Thema Zeiss Microscopy bei Scion Sommer 2018
[ Foto: Michael M. Roth, HS Analysis ]

Sergey Biniaminov und das Team der HS Analysis GmbH sind Spezialisten bei der Bildanalyse in der Materialwirtschaft aber auch Experten für die WSI Daten (Whole Slide Imaging) in der biomedizinischen Forschung sowie Diagnostik.

Bei Scion Herbst 2018, 26.-28.10.18 in der Technologiefabrik Karlsruhe zeigt Herr Biniaminov, wie ein optimaler WSI-Manager und -Viewer aussehen kann und stellt einen Assistenten zur Auswertung von Mikroskopiedaten vor. Er hat sich das Ziel gesetzt, in der Medizin und Materialwirtschaft das Vertrauen in die Künstliche Intelligenz zu stärken, die beispielsweise bei der automatisierten Bildanalyse durch HS Analysis zur Anwendung kommt. Anmeldung Scion Herbst 2018.

Sergey Biniaminov, CEO von HS Analysis in Karlsruhe
[ Foto: Michael M. Roth, HS Analysis ]

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Text: Michael M. Roth, HS Analysis

Englisch Version (for German Version see below)

Scion Herbst 2018 Forum & Hackathon (26.-28.10.18) is only a few days ahead.
Beforehand we will talk about speakers who are going to contribute their expertise to the annual life science conference in Karlsruhe.

The worldwide company Zeiss has a long history and tradition. Named after its founder Carl Zeiss (1816-1888), who established a work shop for optical and fine mechanical instruments in Jena in 1846.

Since then, more than 23 Nobel prize winners, researched or have been researching with Zeiss products and the company influenced the technical progress with several inventions, such as the assembled microscope from 1857, the planetarium projector in 1923 and the 1st operation microscope that was built back in 1953. Today Zeiss concentrates on the APEER initiative, to provide best possible solutions to researchers for their cases.

Zeiss major offices in Germany are located in Oberkochen and Jena with research and development division in Munich.

Dr. Bernhard Schwarz, responsible for Digital Solutions and Strategy, will explain Zeiss digitalization strategy in his speech at Scion Herbst 2018 (26.-28.10.18, Technologiefabrik Karlsruhe).

We are expecting an exciting speech about the digital change at ZEISS and how with the initiative APEER platform is being built that pushes research further. Providing essential impact on Cancer Research with the help of Artificial Intelligence.

For diagnostic purposes, it’s important that microscopy images are not just images. Doctors and pathologists would be supported best, if suspicious or malicious structures of tissue samples are identified at the early stages. In that case the doctors be able to apply their expert knowledge more efficiently and to focus on the illness itself.

This is exactly, what the HS Analysis GmbH does, when it comes to automated image analysis. Both companies, Zeiss and HS Analysis, are working closely together, when new modules of the Zeiss Microscopy platform APEER are being developed. With the help of modern AI and Deep Learning supported methods, Sergey Biniaminov, CEO of HS Analysis, believes to seriously inspire research areas such as the early detection and therapy of cancer.

Gian Kayser is a doctor at Uniklinik Freiburg (University Hospital), Institut für Klinische Pathologie  (Institute for Clinical Pathology). As a pathologist Gian Kayser has many years of experience. At the Scion Herbst 2018 conference Dr. Gian Kayser will take part in the discussion about chances and risks of modern methods of data anaysis like Deep Learning and will contribute with his expertise.

For many years Dr. Gian Kayser is working on the topic of Deep Learning in context with the automated image analysis and digital pathology.

He will discuss pro and contra of using deep learning in histology and he will describe the probabilities in diagnosis that result from collecting and analyzing of big data amounts in connection with modern machine learning methods. In times of quantitative medicine that goes hand in hand with microscopy. For him it is very important to think about new approaches in diagnostics and to discuss them.

At the Scion Herbst 2018 conference doctors with extensive field experience in university hospitals as well as researchers of pharma industry will start a dialog with participants. The hackathon, which addresses students with several subjects like computer science, design, biology and medicine, helps young people to get involved with such interdisciplinary life science issues.

Text: Michael M. Roth

Dr. Bernhard Schwarz, Vice President  Zeiss

Sergey Biniaminov, CEO HS Analysis GmbH

Deutsche Version

Scion Herbst 2018 (26.-28.10.18) steht vor der Tür.
Im Vorfeld berichten wir über Speaker, die mit ihrem Know-Know die Life-Science-Jahreskonferenz in Karlsruhe bereichern werden.

Das heute weltweit tätige Unternehmen ZEISS mit den deutschen Hauptstandorten Oberkochen und Jena sowie dem Mikroskopie-Standort München verfügt über eine lange Unternehmensgeschichte und Tradition. Namengeber und Pionier Carl Zeiss (1816-1888) errichtete 1846 in Jena eine Werkstatt für optische und feinmechanische Instrumente. Seither haben mehr als 23 Nobelpreisträger mit ZEISS Produkten geforscht und das Unternehmen hat den technischen Fortschritt mit manchen Erfindungen verändert: das zusammengesetzte Mikroskop aus dem Jahr 1857, der Planetariumsprojektor aus 1923 oder das erste Operationsmikroskop 1953. (Verlinkungen bitte einfügen). Heute konzentriert sich ZEISS mit der Initiative APEER darauf Forschern die bestmöglichen Software-Lösungen für ihren Fall anzubieten.

Dr. Bernhard Schwarz, verantwortlich für Digital Solutions and Strategy, wird in seinem Vortrag bei Scion Herbst 2018 (26.-28.10.18 in der Technologiefabrik Karlsruhe) genau diese  Digitalisierungsstrategie von Zeiss erläutern. Wir erwarten einen spannenden Vortrag über den Digitalen Wandel bei der ZEISS und wie mit der Initiative APEER eine Plattform geschaffen wird, die die Forschung vorantreibt.

Die Krebsfoschung maßgeblich beeinflussen mit Künstlicher Intelligenz

In der medizinischen Diagnose geht es oft darum, dass digitalisierte Aufnahmen wie Mikroskopiebilder nicht nur als das reine Bildmaterial zur Verfügung gestellt werden. Ärzte und Pathologen kann man besonders unterstützen, wenn bspw. verdächtige Strukturen frühzeitig identifiziert werden. Ärzte können dann schneller und effizienter ihr Fach- und Erfahrungswissen anwenden. Um eben eine solche automatisierte Bildanalyse kümmert sich die HS Analysis GmbH. Beide Unternehmen, Zeiss und HS Analysis, arbeiten eng zusammen, wenn es um die Erstellung neuer Module auf der Plattform APEER geht. Sergey Biniaminov, Geschäftsführer der HS Analysis GmbH, glaubt, durch moderne KI- bzw. Deep-Learning-gestützte Verfahren Forschungsgebiete wie die möglichst frühzeitige Erkennung und die effiziente Therapie von Krebs maßgeblich inspirieren zu können.

Gian Kayser ist Arzt an der Uniklinik Freiburg, Institut für Klinische Pathologie. Als Pathologe verfügt Gian Kayser über langjährige Erfahrung. Bei Scion Herbst 2018 möchte er sich an der Diskussion über Chancen und Risiken von modernen Methoden in der Diagnostik, wie dem Deep Learning, (pro und contra) beteiligen und sein Know-How einbringen.

Schon lange befasst sich Gian Kayser mit dem Thema Deep Learning in der automatisierten Bildanalyse bzw. der digitalen Pathologie. Zum einen erläutert er die Risiken, die durch ein „Halbwissen“ bei der Anwendung von Deep Learning entstehen können. Gleichzeitig beschreibt er die Chancen in der Diagnostik, die aus dem Sammeln und Auswerten großer Datenmengen mit modernsten Machine-Learning-Methoden resultieren.
In Zeiten der quantitativen Medizin, die mit den Entwicklungen der Mikroskopie Hand in Hand geht, ist es wichtig, sich mit neuen Herangehensweisen auseinander zu setzten und sie zu diskutieren.

Auf der Konferenz Scion Herbst 2018 berichten Ärzte und Forscher, Vertreter von Unikliniken und der Pharmaindustrie, und bieten einen hoffentlich meinungsreichen Austausch auf der Podiumsdiskussion zu den spannenden Themen der automatisierten Bildanalyse in Verbindung mit der Künstlichen Intelligenz. Gleichzeitig sind ZEISS und HS Analysis Gastgeber eines  Hackathons, der sich insbesondere an Studierende der Fächer Informatik, Design, Biologie und Medizin richtet, trägt dazu bei, bereits junge Menschen an die große interdisziplinäre Thematik „Life Science“ bzw. „Biotechnologien“ heranzuführen.

Text: Naja Färber, Michael M. Roth

Mit Scion Herbst 2018 (26.-28.10.18) bietet die HS Analysis GmbH eine Plattform für den interdisziplinären Austausch rund um die Themen automatische Bildanalyse, Diagnostik und Therapie von Krankheiten sowie der Medikamentenforschung. Die Zusammenarbeit mit Pathologen aus ganz Deutschland ist für HS Analysis von großer Bedeutung. Bei unserer Jahreskonferenz zum Thema Life Science Ende Oktober dürfen sich die Teilnehmer auf Vorträge von Pathologen freuen, die mit ihrer wissenschaftlichen als auch praktischen Tätigkeit die Pathologie stetig voran bringen wollen, natürlich in der Konsequenz zum Wohle der Patienten. Professor Thomas Rüdiger aus Karlsruhe und Fermin Person gehören zu diesen hoch motivierten und engagierten Ärzten.

Professor Thomas Rüdiger ist Leiter der Pathologie am Städtischen Klinikum in Karlsruhe. Bereits seit 25 Jahren nennt er die Pathologie sein Zuhause. Somit verwundert nicht, dass der Pathologe auch über ein geschichtliches Überblickswissen verfügt. Aus seinen Erfahrungen berichtet Professor Rüdiger, dass eine Entwicklung der Pathologie von der Morphologie zu einem stärker biologisch geprägten Verständnis der Erkrankungen erfolgte. Besonders spannend war es zu sehen, dass sich Erkenntnisse zur molekularen Pathogenese der Erkrankungen häufig morphologisch nachvollziehen lassen.

Immer noch gibt es aber eine große Diskrepanz zwischen einer subtilen Diagnostik und ihrer klinischen Anwendung. Daher darf nicht außer Acht gelassen werden, dass auch heute in Zeiten der Targeted Therapy noch die Tumorgröße, die vollständige chirurgische Resektion und die Metastasierung eine entscheidende Rolle für die Prognose und Behandlung der Patienten spielen.

Insbesondere kann die Verknüpfung zwischen den Daten aus der molekularen Diagnostik und der Morphologie der Mikroskopieschnitte entscheidend sein und den Arzt bei seiner täglichen Routine-Diagnostik unterstützen. An diesen Themen arbeitet die HS Analysis GmbH mit der Vision, täglich entstehende Krankheitsfälle durch Künstliche Intelligenz zu priorisieren, vorzubereiten und an das zuständige Fachpersonal zu kommunizieren.  

Professor Rüdiger wird in seinem Vortrag bei Scion Herbst 2018 auf die Diskrepanz zwischen der subtilen Diagnostik und ihrer klinischen Anwendung eingehen.

Prof. Thomas Rüdiger (Mitte): Leiter der Pathologie am Städtischen Klinikum Karlsruhe
Quelle: Städtisches Klinikum Karlsruhe

Fermin Person, Assistenzarzt an Uniklinik Eppendorf in Hamburg (UKE), der sich auf die Nephropathologie spezialisiert hat, wird in seinem Vortrag über die Einbindung Künstlicher Intelligenz in der Pathologie am Beispiel der Niere berichten. Zu den Standardverfahren in der Pathologie gehören die lichtmikroskopische Auswertung von Gewebe, unter anderem die Immunhistochemie, bei der Gewebe mit Hilfe von spezifischen Antikörpern angefärbt wird, sowie die Elektronenmikroskopie. Diese Verfahren bilden die Grundlage für das Erkennen und Unterscheiden von Strukturen bei Gewebeproben in der Triplediagnostik und in der Histologie.

Der Pathologe vom Hamburger UKE wird auf die neusten Entwicklungen der Pathologie in Bezug auf KI und daraus resultierende Diagnosemöglichkeiten eingehen.

Fermin Person, Arzt, Sektion für Nephropathologie, Uniklinikum Hamburg-Eppendorf
Quelle: Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf

Die Teilnehmer von Scion Herbst 2018 werden beim Vortrag von Fermin Person erfahren, wie Machine Learning die Erkennung und Analyse von Glomeruli vereinfachen könnte. Genau hierbei arbeitet HS Analysis an einem intelligenten Assistenten für die Ärzte. Mithilfe dessen wird es möglich, diverse Aufgaben im Bereich der verschiedenen Organe zu lösen. Die dabei angewandte Technik kann nicht nur Glomeruli detektieren, sondern ist in der Lage zu unterscheiden, ob ein Glomerulus gesunde oder krankhafte Strukturen, z. B. die einer membranösen Glomerulonephritis, aufweist. Die Mission ist es noch mehr in die Tiefe der Nierenmorphologie zu gehen und die verschiedenen Zellen und Bestandteile eines Glomerulus automatisch zu annotieren und so z. B. zwischen glomerulärer Basalmembran und Mesangium, aber auch zwischen Podozyten, Granulozyten und Monozyten zu unterscheiden.

Sergey Biniaminov, Geschäftsführer der HS Analysis GmbH in Karlsruhe
Foto: Michael M. Roth, HS Analysis

Text: Naja Färber und Michael M. Roth